SCoPE2，進階的單細胞蛋白質組方法揭露吞噬細胞蛋白質組異質性
得益于單細胞轉錄組學，現在具有不同表型的異質群體細胞類型的組織體已可以清晰識別。誠然，單一細胞分化經常出現自蛋白介導的生理反應，對于不同翻譯修飾的理解依然有限。目前主流基于單細胞轉錄組測序技術對于許多樣本存在低采樣率，導致數字化mRNA計數器準確度差，由此可知，蛋白質豐度估算也不可靠。
巨噬細胞是天然免疫細胞并具有不同功能和分子表型，對一系列疾病都很重要，包括腫瘤。由于上面提到的測序技術局限性，在單細胞蛋白質組學領域卻發現存在大量未被發現的機理。
這里，Specht et al 使用多元LC-ESI-MS/MS（包括采用歐若拉納升色譜柱）進行單細胞蛋白質組學研究，進一步優化了他們早期的SCoPE-MS方法形成SCoPE2。這大大地提升了定量準確性和分析通量，通過自動化微型樣本前處理裝置減少手動操作時間，極大地降低了成本。
分析均一單核細胞分化成為類吞噬細胞中異質性的出現，啟用該方法使得在10天的機時內完成鑒定了1490個不同類型的單細胞。
此外，數據表明甚至當分化源自暴露于同一環境的均一單核細胞，跨越一個連續活動周期蛋白質組階段時吞噬細胞蛋白質組也發現了異質性，這與此前發現存在細胞因子時出現的一種偏振軸有關。
這些數據可以實現臨床應用，比如一定疾病范圍的生物靶標發現和進行基于蛋白質網絡功能的直接因果機制推斷。更多的細胞和蛋白質變體的定量分析，在此方向研究時假定設想將會更少。
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賈羅德·桑道博士評注
